Nel 1997 spinti dal comune interesse per le tecniche di benessere psicofisico (rilassamento, meditazione...) i giovanissimi Mario Cappellin e Angela Toro fondano l'associazione "Mens Sana, Istituto per il Benessere Psicofisico", promuovendo una serie di attività, iniziative, seminari e pubblicazioni relative alle tecniche di rilassamento, meditazione e Rebirthing.
A questo primo nucleo di promotori si uniscono ben presto altri giovani, che forniscono il loro contributo e stimolano una ricerca nel campo delle tecniche di benessere psicofisico, ma con una particolare attenzione alla componente spirituale.

Nel 2000 viene fondata l'Accademia di Educazione Spirituale su iniziativa di sei soci fondatori (Mario Cappellin, Angela Toro, Gloria Elia, Fabio Soggia, Alessia Dellerba, Daniele Nicola; poco tempo dopo si aggiunge Rita Beltramino, la settima co-fondatrice), per rendersi indipendente da Mens Sana e specializzare i due rami di ricerca: da quel momento Mens Sana si occuperà di benessere psicofisico in chiave medico-psicologica, con particolare attenzione per le medicine naturali e l'Iridologia in particolare (argomento su cui ha pubblicato un trattato apprezzato in ambito internazionale e tradotto in tre lingue: per ulteriori informazioni clicca qui).
L'Accademia di Educazione Spirituale si dedica fin da subito alla ricerca in ambito spirituale e istituzionalizza l'incontro settimanale in cui i membri si riuniscono per seguire lezioni su argomenti relativi a simbolismo, esoterismo, interpretazione biblica, tecniche di benessere psicofisico con particolare attenzione all'ambito spirituale.

A cavallo fra il 2003 e il 2004 avviene un cambiamento importante: senza alcuna forzatura e di comune accordo i membri ritengono insoddisfacente una ricerca spirituale che non proceda di pari passo con un cammino autenticamente religioso.
Per la sua preparazione in ambito dottrinale e biblico, viene incaricato il dr. Mario R. Cappellin di stilare un programma di formazione religiosa e spirituale dei membri in un'ottica cristiana, relegando tutti i rami di ricerca non compatibili a puro interesse culturale dei singoli membri.
In due anni viene istituito un percorso formativo che si incentra sulla preghiera dell'Ufficio divino (Liturgia delle Ore), sullo studio del canto gregoriano, della dottrina cattolica e della Bibbia (in senso morale e spirituale, non solamente come argomento di studio accademico).

Sperimentato per alcuni anni con costanza questo percorso, anche in seguito alle richieste di persone esterne al gruppo che richiedono che le lezioni siano tenute pubblicamente, consapevoli che spetta all'autorità della Chiesa permettere che un'attività del genere possa essere svolta pubblicamente, l'Accademia inizia il percorso di riconoscimento come associazione privata di fedeli, stilando uno statuto e un regolamento che formalizzino l'attività dell'Accademia.
Per evitare incomprensioni e per caratterizzare in modo inequivocabile l'Accademia, nel 2010 si decide di aggiungere l'aggettivo "Cattolica", in modo da chiarire già nel nome l'ispirazione a cui si riconduce il percorso educativo proposto e distinguersi da tante altre realtà che dietro l'aggettivo "spirituale" nascondono percorsi di tipo "New Age" a nostro avviso incompatibili con un cammino autenticamente cristiano.